Die Kapellengemeinde Nettelstädt gehörte über viele Jahrhunderte zur Pfarrei Altenrüthen, erst 1899 wurde sie der Pfarrei Hoinkhausen zugeordnet. Zu diesem Zeitpunkt war der Ort schon rund 800 Jahre alt: 1072 schenkte der Kölner Erzbischof die Zehntlöse zu Nescellesteen dem neu gegründeten Kloster Grafschaft.
1312 war Lubertus de Netelstede Ratsherr in Rüthen, dessen heraldische Symbole vor ca. 2 Jahrzehnten in das Ortswappen übernommen wurden. Diese Adelsfamilie und ihre Erben bzw. Rechtsnachfolger besaßen den südöstlich der Kapelle gelegenen Haupthof des Ortes, zuletzt bis 1912 die Grafen von Bocholtz-Alme.
Das dortige Wohnhaus wurde 1658 durch den kurfürstlichen Richter Dr. Wilhelm Steinfurth erbaut, der ebenfalls 1664 die älteste Kapelle in Nettelstädt stiftete, welche 1822 abgebrochen wurde.
Erst 1929 erfolgte hier die Grundsteinlegung für ein neues Gotteshaus, das wie sein Vorgänger den hl. Johannes d. Täufer zum Kapellenpatron hat.
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